西元1905年俄國微生物學家梅契尼可夫（Metchnikoff）觀察保加利亞人瑞每天有飲用酸奶的習慣，推論酸奶中之乳酸菌有抑制腸道害菌、延緩老化作用，認為「老化始於腸」、倡導「乳酸菌長壽說」。他在1908年得到諾貝爾獎，後人因其畢生提倡乳酸菌對健康的好處，尊稱為「乳酸菌之父」，並設立「梅契尼可夫獎」紀念其貢獻。近代的日本東大光岡知足教授就曾榮獲此獎，並且經過一世紀的研究，得知長壽人瑞的腸道中雙歧桿菌比一般人要高60至100倍，確立了「微生物介入治療」的概念，證實了補充益生菌可改善人體健康的理論。
腸道的細菌
人類腸道內的細菌數目高達百兆以上，總共500多種，重量超過1公斤，而且70%以上的免疫細胞都在腸道，所以腸道是人體最大的免疫器官。腸道共生菌與人體宿主基因共同演化，互相整合，形成和平共存、共生互利的所謂「人體超級生物體」，因而腸內細菌也可看成是一種器官，且是十大必要器官之一。腸道免疫系統包括淋巴組織，培爾氏斑（Peyer` patch）、淋巴球、巨噬細胞、樹突細胞、B細胞、T細胞、自然殺手細胞等，共同形成一道防線，防止病原入侵。腸道細菌有99%在大腸（1公克有百、千億菌），迴腸次之（1公克有10億菌），空腸（1公克有千、萬菌），胃及十二指腸最少（1西西有百、千菌量）。腸菌對人有好有壞，好菌佔10～20%，其發酵作用能將醣類、寡糖及纖維質代謝分解為乳酸、醋酸、二氧化碳及氫氣。而壞菌佔20%，有腐敗作用，會將蛋白質、脂肪代謝產生氨、硫化氫、酚、亞胺，產生臭味、毒素，使人腹瀉、便秘、老化、生病、致癌。中性菌佔60～70%，平時不好不壞，免疫力低或生病時則變壞，屬騎牆派性質，牆頭草一般，可以變成好菌，也可以變成壞菌，端視何者佔上風而靠攏，故有伺機菌之稱。
益生菌Probiotic
益生菌對宿主、人體有益，是可改善腸道菌相的活菌微生物。最具代表性益生菌─乳酸菌，能分解醣類（乳糖、葡萄糖、蔗糖、果糖）產生乳酸和醋酸，可酸化腸道環境，抑制害菌增殖，調整腸內菌叢平衡，改善消化環境，促進腸道蠕動，提升免疫機能，預防過敏，抑制感染，增加酵素、維生素和干擾素的合成。乳酸菌包括乳酸桿菌、雙歧桿菌、酵母菌及其他桿菌、球菌等。
好菌（益菌）
益生菌就是好菌，包括(1)乳酸桿菌（Lactobacillus），較常被提及的有嗜乳酸桿菌（A菌）、乾酪（凱氏）菌（C菌）、LGG、代田菌、LP33、LG21、LS菌、植物、洛德氏、短乳酸桿菌、保加利亞菌（LB）、嗜熱鏈球菌（ST）、脆弱類桿菌及宮入菌等。(2)雙歧桿菌（Bifidobacterium），包括比菲德氏菌（B菌）、龍根、雷特氏、短雙岐桿菌等。因長壽者腸內B菌特多，也被稱為長壽菌。(3)布拉氏酵母菌（Saccharomyces boulardii）(4)乳酸腸球菌（Enterococcus faecalis）(5)生存於陰道的乳酸桿菌，可維持陰道PH值在3.5至4.5間，防止白色念珠菌感染，也被稱為Doderlein` bacillus。
壞菌（害菌）
壞菌包括產氣莢膜桿菌（魏氏梭菌）、困難腸梭菌、金黃色葡萄球菌、病原性大腸桿菌、綠膿桿菌、克雷白氏菌、沙門氏菌和志賀氏菌等。
中性（中間）菌
包括糞鏈球菌、非病原性大腸桿菌、腸球菌、脆弱類桿菌、厭氧性鏈球菌、酵母菌、黴（真）菌、麴菌和優桿菌（真細菌）等。
益菌生Prebiotics
透過飲食的補充，可增加腸內益菌的生長（養菌作用），也叫益菌素、益生元（源）、益生質或益生菌助生質。包含寡糖、膳食纖維及一些中草藥。寡糖（低聚糖Oligosaccharides, OS）：只有B菌可以利用的食物，有半乳寡糖、果寡糖、木寡糖、異麥芽寡糖、大豆寡糖、乳果寡糖、異果寡糖、菊糖等，來源為母奶、豆類、根莖類、全穀、海藻、蔬果、蕈菇、蜂蜜等食物。(2)膳食纖維（Dietary fiber）：益害菌皆可利用。亦稱為第六（七）大營養素。包括(a)水溶性：果膠、植物膠、海藻酸、褐藻糖膠、昆布多醣、黏質物、菊苣纖維、葡甘露聚醣等，來源為熟水果、種子、根莖、海藻等。(b)非水溶性：果膠（未熟蔬果）、纖維素、半纖維素、木質素、甲殼素、聚葡萄糖等，來源為穀類、蔬菜、豆類、未熟水果、麩皮、牛蒡、蘑菇、蝦蟹殼等。膳食纖維成人攝取量每天為15至30公克（25公克以上較好）。(3)中草藥（Herbs）：人蔘、枸杞、靈芝、茯苓、當歸、刺五加、何首烏。
合益素（合生元、合生素）
Synbiotics
益生菌與益菌生之結合，可以稱為大腸的食物。最初是以牛奶初乳加上益生菌製成寡糖乳酸菌，有保胃整腸，平衡腸道菌叢（增加B菌、減少害菌），抑制腸內有害物質，增加免疫功能，預防腸道感染，抑制害菌減少癌症，調整過敏體質，預防陰道感染之功用。
益生菌生成萃取物（益生素）
Biogenics
乳酸菌生成萃取液乃是利用多種共生乳酸菌，以有機大豆豆漿為培養基，經過一年熟成，再以高科技萃取有效分泌物及菌體物質而製成。分泌物的功能為活化定居菌之酵素，抑制害菌，促使中性菌變成益菌，增進益菌繁殖，稱為養菌。而菌體物質的作用為活化免疫細胞，修護腸道細胞。市面上有ALBEX、Lactis（日）、Lacteol（法）等成品問世。